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一般来说，短信拦截功能不会专门针对快递短信进行拦截，因此从这方面来说是安全的。短信拦截功能主要是为了屏蔽一些垃圾短信或者骚扰短信，而快递短信是为了通知收件人有关包裹的物流信息，不属于骚扰短信的范畴。
也存在一些特殊情况需要考虑，某些手机安全软件或应用可能会根据用户的个性化设置来拦截特定类型的短信，如果用户误将自己的快递短信也设置为了拦截对象，那么可能会错过一些重要的物流信息，一些不法分子可能会利用伪基站发送假冒的快递短信，这时手机的安全软件可能会识别并拦截这些可疑短信，保护用户不受欺诈，为了确保安全，建议用户在使用短信拦截功能时谨慎设置，避免误拦截重要信息，收到快递短信后，也可以主动通过官方渠道核实信息的真实性。
短信拦截功能在正常情况下是安全的，不会拦截正常的快递短信，但为了更加确保安全，建议谨慎使用并随时关注手机中的短信内容。